回答

Ver.2.70以降のGENSKETCH3を使用している場合、コンバート時、旧バージョンのプロジェクトデータを上書きすることはできません。
コンバート後のプロジェクト名はコンバート元のプロジェクトとは別名で保存、もしくは別の場所に保存していただく必要があります。
「GENWARE3ユーザーズマニュアル」の「3-2-3 プロジェクトを開く」に記載がありますので、ご確認ください。

ただし、Ver.2.70より前のGENSKETCH3で旧バージョンのプロジェクトをコンバートする場合、旧バージョンのプロジェクトを上書きする仕様になっています。保存先のプロジェクト名の入力は求められません。
このため旧バージョンのプロジェクトのバックアップが必要な場合には、GENSKETCH3でプロジェクトを開く前に必ず「プロジェクト名.IPP」ファイルと「プロジェクト名」フォルダを別の場所にコピーしてください。