回答

ビットマップデータのRGB値が、ご使用のBSPで設定されているRGB階調に合わせたRGB値に丸められていることにより、意図しない箇所の透過がおこなわれています。
（GENWARE3のデフォルト色階調設定値はRGB565です）
解決方法としては、ご使用のBSPで設定されているRGB階調にあわせてビットマップデータを作成してください。

例えばGENWARE3のBSPにてRGB565が設定されている場合、RGB888階調で作成されたビットマップデータに含まれるピクセルの色がR値0～7、 G値0～3、B値0～7の範囲内であれば、GENWARE3内ではすべてRGB565階調のR値=0, 値G=0, B値=0に丸められます。
したがって、GENSKETCH3にて透過色をR値=0, G値=0, B値=8に設定された場合、ビットマップデータでR値=0～7、G値=0～3、B値8～15に設定されている色は透過されます。
透過させたくない箇所はその色範囲を避けて、ビットマップデータを作成いただきますようお願いします。